Development of algorithmic procedures for the analysis of phylogenetic
Ushbu kitob filogenetik tahlil va filogenetik daraxtlarni qurishga bag'ishlangan. Unda filogenetikaning asosiy tushunchalari, mavjud tahlil usullari, algoritmlar va ularning qo'llanilishi muhokama qilinadi. Kitobda filogenetik daraxtlarni qurishning asosiy bosqichlari, jumladan, multipleketik tekislash, distantsiya matritsalarini hisoblash va turli algoritmlar yordamida daraxtlarni rekonstruktsiya qilish usullari bayon etilgan. Shuningdek, kitobda «PhylogenyUz» dasturi yaratilishi, uning dizayni, komponentlari va foydalanish bo'yicha yo'riqnomalar ham o'rin olgan.
Asosiy mavzular
- Filogenetikaning asosiy tushunchalari: Filogeniya, filogenetik daraxtlar (rooted va unrooted), kladogrammalar va filogrammalar haqida ma'lumot beriladi. Filogenetik tahlilning biologiyadagi ahamiyati va qo'llanilishi ko'rsatiladi.
- Filogenetik tahlil usullari: Mavjud filogenetik tahlil usullari, jumladan, masofa asosidagi usullar, maksimal parsimoniya va maksimal ehtimollik usullari tahlil qilinadi. Har bir usulning afzalliklari va kamchiliklari ko'rsatib o'tiladi.
- Filogenetik daraxtlarni qurish bosqichlari: Filogenetik daraxtlarni qurishning asosiy bosqichlari: multipleketik tekislash, distantsiya matritsalarini hisoblash, filogenetik daraxtlarni rekonstruktsiya qilish algoritmlari batafsil bayon etiladi. Har bir bosqichda qo'llaniladigan turli xil yondashuvlar va algoritmlar taqqoslanadi.
- Algoritmlar va baholash hisoblashlari: Filogenetikada algoritmlarni baholash usullari, masofa matritsalarini tuzish uchun algoritmlarni baholash hisoblashlarini ishlatishning ahamiyati tushuntiriladi. Algoritmlarning effektivligi va aniqligi muhokama qilinadi.
- "PhylogenyUz" dasturiy ta'minoti: "PhylogenyUz" dasturining dizayni, arxitekturasi, komponentlari va funktsiyalari batafsil tavsiflanadi. Dastur bilan ishlash bo'yicha qo'llanma va foydalanuvchilar uchun yo'riqnomalar beriladi. Dasturning afzalliklari va kamchiliklari ko'rsatiladi.